Nistkästen, die unseren gefiederten Freunden der Aufzucht ihrer Jungen dienen, werden außerhalb der Brutzeit von nicht wenigen Tieren als Unterkunft in der kalten Jahreszeit genutzt. Deshalb sollte man von einer Reinigung der Nistkästen im Herbst absehen und dies im Frühjahr vor Beginn der Brutsaison tun. Man sollte aber prüfen, ob sich noch alte Eier oder verendete Küken in den Nestern befinden. Dann empfiehlt sich die Reinigung auf jeden Fall im Herbst, denn Krankheitserreger und Parasiten sind mit Sicherheit im Nistkasten.

In den kalten und frostigen Monaten überwintern viele nützliche und auch bedrohte Tierarten in den Nistkästen. Zu ihnen gehören u.a. Wespen- und Hummelköniginnen sowie Ohrwürmer. Auch Spatzen nutzen die Behausung, um sich vor frostigen Temparaturen in Sicherheit zu bringen.

Die Reinigung der Nistkästen darf keinesfalls mit chemischen Reinigungsmitteln oder gar mit Desinfektionsmitteln durchgeführt werden, denn diese schaden den Vögeln. Es wird empfohlen, die Behausung gründlich "auszufegen" bzw. mit klarem Wasser auszuspülen und anschließend trocknen zu lassen.